明代废相后，取消了中书省，保存了中书舍人的官职，只是个七品官，处理文书而已。也取消了门下省，保存了给事中的官，虽是七品官，但有封驳之权。尚书省不再设令、仆的官，升六司尚书成部级官员，秩二品。为了帮助皇上处理文书，另设内阁大学士。当时设立大学士者有四个殿，为中极、建极、文华及武英四殿。另有两阁，即文渊阁与东阁。
据孙承泽《春明梦余录》记载，洪武十七年九月中旬，八天之间，给事中张文辅收到给皇上的奏折计有一千一百六十件，共三千二百九十一件事。所以君王如要独裁，一定要龙精虎猛，不然一个月收到的奏折将达到三千件以上，即平均每天要看并处理一百件公文。每件公文有三件事以上要办。这个君王要有铜头铁臂，不然一定吃不消。
所以，明成祖以后，由翰林院的侍讲、侍读、编修、检讨等官员协助皇上阅卷，称为“内阁”。
永乐、洪熙两朝，皇上召内阁密商，但批答仍由皇上亲笔。成祖时有解缙、胡广入文渊阁助皇上阅卷。仁宗以后，有杨溥、杨士奇、杨荣称“三杨”，以东宫师傅旧臣资格兼内阁学士衔，地位较前为隆，其他百僚地位均在内阁学士之下了。
至宣德时，内阁可用小票墨书，贴在奏章封面代皇上御批，谓之“条旨”。
至于皇上写诏诰起草，唐时有中书舍人，后由翰林院的翰林即内阁学士代拟。明代的中书舍人只是七品小官，专职书写而已。明代多数亦由内阁大学士起草。
明代的大臣，如内阁大学士，不易见到皇上。如宪宗成化以后，一直到熹宗天启，前后共一百六十三年，其间只有孝宗弘治在位数年曾经延访过大臣，而世宗、神宗二十余年来并不视朝，大臣也从未见过皇帝。《万历野获编》记述一个笑话道：宪宗患较轻微口吃之病，所以与大臣很少对话。有一天，召内阁学士万眉州安、刘博野吉、刘寿光珝等人见宪宗，当皇上与他们谈到时政时，他们均不能应对，只懂得叩头呼“万岁”而已，因此有“万岁相公”之谑。明代中叶的帝王多数不见群臣，赵翼的书中也有记述。
所以明代中叶，各君王与大学士诸大臣很少相见，相见也不过视朝数刻，君或不识臣，臣或不与君王交一言，君臣之间只是“章奏批答相关接，刑名法度相维持而已”。总之，明代君王昏惰，明代政情安得不乱也。
由于皇上懒理政事，于是历朝权臣，时有产生，如世宗时，有夏言、严嵩操弄大权。严嵩控政弄权达二十年之久。明代君王有的实行重法，有的则荒怠不理政事，这都足以使权臣弄权。内阁学士之权最大是票拟，但不能直接见君王，中间隔着太监。