曹操在赤壁大败，回到许都，心里郁郁不乐。偏在这个时候，他最钟爱的小儿子仓舒得了重病，家里人到处请医抓药，都不见效。眼看孩子没有救了，曹操伤心地说：“要是华佗在，孩子不会死得那么早。”
曹操所说的华佗，是我国历史上一位著名医学家，和曹操是同乡。华佗自小熟读经书，尤其精通医学。不管什么疑难杂症，到他手里，大都药到病除。当地官员和朝廷太尉听到华佗名声，征召他做官。华佗都推辞不去。
华佗诊病极其准确。一次，有两个官员闹头疼发热，先后找华佗看病。经华佗问明病情，给一个开了泻药，另一个开了发汗药。有人在旁边看华佗开药方，问他为什么病情相同，用药却不一样。华佗说：“这种病表面看来一样，其实不同。前一个病在内部，该服泻药；后一个只是受点外感，所以让他发发汗就好了。”这两人回去抓了药服了，果然病都好了。
还有个姓李的将军，请华佗给他妻子治病。华佗去了，一摸脉，说：“这是怀孕时候伤了身子，胎儿留在肚里了。”李将军说：“我妻子已经小产过，胎儿已经下来了。”华佗说：
“按照我的判断，胎儿还在病人肚子里。”
李将军不相信。华佗走了以后，过了一百多天，他妻子的病越来越重，只好再请华佗来治。
华佗说：“肯定有个坏死的胎儿在肚里。大概你妻子原是双胞胎，一个先小产下来了，一个留在肚里。”
华佗给病人服了汤药，又给她扎针，果然产了一个死胎，病人很快就恢复健康了。
华佗不但能治内科，还善于做开刀手术。他配制一种麻醉剂叫麻沸散。有个病人患肚痛病，痛得厉害，经过十多天，胡须眉毛全脱落下来。华佗一诊断，说：“这是脾脏溃烂了，得赶快开腹治疗。”华佗让病人服了麻沸散，打开腹腔，把坏死的脾脏切除，再缝好创口，敷上药膏。过了四五天，创口愈合，一个月康复了。
历史书记载的有关华佗治病的传说还有很多。据说，有个太守生病，请了许多医生诊治都没治好。华佗诊治以后，认为这种病只有让病人发怒，才能治好。他故意向病人索取很贵的诊费，却拖拖拉拉不认真给他开方抓药，过了几天，竟不告而别，还留下一封信骂太守得了病是自作自受。
太守果然大怒，立刻派人追捕华佗。太守的儿子知道华佗用意，暗暗叮嘱家人不要去抓华佗。太守听说抓不到华佗，更加怒气冲天，一气之下，呕出几口黑血。不想这一呕，病反而好了。
曹操一直患头风病。一遇到工作紧张，头风病发作，痛得受不了。他听说华佗的医术高明，就把华佗请来，华佗扎了几针，头痛就止了。曹操不肯放他，把他留下来做了随从医官，好随时给他治病。
华佗虽然乐于帮助人，热心给人们治病，但他却不愿一直呆在曹操身边，给一个人管药箱。有一次，他借口回家探亲，顺便去取点药，曹操没有怀疑，让华佗走了。
华佗回到家里，托人给曹操捎了一封信，说他妻子病得厉害，一时回不了许都。曹操一再催促，华佗还是拖着不去；
曹操又命令郡县官吏去催，也碰了软钉子。
这一来可惹恼了曹操。曹操派个使者到谯县去调查。并告诉使者，如果调查下来，华佗妻子确实有病，就送他四十斛（斛，音ｈú，古代以十斗为一斛）小豆，听任华佗推迟假期；要是华佗谎言搪塞，就把华佗抓来。
调查结果，华佗被抓走了。
曹操把华佗抓到许都，他认为华佗故意违抗他的命令，是大逆不道的行为，下令把华佗处死。
谋士荀彧认为这个处刑太重了，劝曹操说：“华佗医术高明，他一死，牵涉到许多人的生命，希望丞相从宽发落。”
曹操本来也是个爱惜人才的人，自从他打败了袁绍后，有点骄傲起来；再说，他正在气头上，哪肯听荀彧的劝阻，气呼呼地说：“哼，我不怕天下就没有像他那样的医生。”说完，就派人把华佗杀了。
华佗被捕离开家乡的时候，随身还带着一部医书，这是他根据多少年来积累的经验写成的。他本来没想到得罪曹操竟招来杀身大祸。他觉得自己遭到罪没法挽回，可是让这部书湮没太可惜。临刑前一天，他把狱吏请来，对他说：“请您把这部书好好保存，将来可以靠它救病人。”
那狱吏胆小，怕接了华佗手里这部书，将来曹操追究起来，自己受到牵连，说什么也不肯保管。
华佗十分失望，他叹了口气，向狱吏要了火种，在监狱里把宝贵的医书一把火烧毁了。
打从华佗死后，曹操发头风病，就再没有找到合适的医生给他治疗。但是曹操并不肯承认自己做错了事，说：“华佗这小子是有心不肯根治我的病，即使我不杀他，也不见得会治好我的病。”直到他的小儿子仓舒死了，他才懊丧万分。
华佗死后，他的几个学生继承他的事业，继续为百姓治病。可惜记下华佗的经验的那部医书竟失传了。