1945年，抗日战争胜利后晋加上将衔。
1947年，蒋介石任命马占山为东北保安副司令，但他不肯就任。
1948年平津战役时，马占山毅然决定弃暗投明，出面帮助傅作义拿定主意和平一交一出北平城，推动了北平和平解放的进程。
1949年初，曾劝说傅作义接受和平改编，并向傅建议请一邓一宝珊做同中一共谈判的代表，为促进北平的和平解放做了有益的工作，促使北平和平解放。
1950年6月，一毛一泽一东托秘书打电话给马占山，邀请他出席中国人民政治协商会议全国委员会一届二次会议，马占山十分激动，可惜由于他的病情加重最终未能出席。至全国政一协会议开幕的前一天，一毛一主席办公室还 来电话询问马占山的病情，并准备派车来接，但当时病情过重，已不能行动。
1950年11月，病情恶化。
1950年11月29日20点零6分，马占山因肺癌病逝于北京，终年65岁，安葬于北京万安公墓。
他给自己的子女留下了这样几句遗嘱：“我亲眼看见我中国在一毛一主席和中国共一产一党一的领导下，全国人民获得解放，新民一主主义已顺利实行，人人安居乐业。我生平中之新型国家已建设起来。我虽与世长离，但可慰于九泉之下。我嘱尔等须遵照我的遗嘱，在人民政一府的英明领导下，诚心诚意为新中国的建设努力奋斗到底，实事求是做事为人，不可稍懈。”
马氏家庭
清朝嘉庆初年，祖父马万龙和祖母刘氏逃难来到东北。定居在怀德县一毛一家城镇一毛一家城子村西炭窑屯。后来，刘氏生下马占山的父亲马纯，一家三口过着无依无靠的贫苦生活。马纯长大后，家贫如洗，长年给本屯地主扛活。后来与本屯一家刘姓的女儿结婚。他们辛勤劳动多年，买了几亩薄地，又向本屯地主租赁几亩地，维持全家生活、马纯为人老实厚道。目不识丁，婚后不久生了一男一女、男为马占山。出生于1885年11月30日。
马占山自幼体质非常瘦弱，但由于他长年经受困苦生活的磨炼，养成了刚毅倔强的一性一格，而且胆量过人。七八岁时，他为本屯地主放牧，敢于一习一练骑马赛跑，很快成为一个一精一于骑术的出色牧童。
一天，一对白发苍苍的老夫妇领着一个十岁的女孩，来到马家乞讨。马占山的母亲刘氏问知他们姓杜，是从关内逃难过来的，见其十分可怜，便将杜氏一家留在炭窑屯定居。不久，杜老夫妇看马家人好，便把女儿杜赞义送到马家当了童养媳。
马占山和杜家姑一娘一从小在一起，青梅竹马，两小无猜。但是，贫困的生活给他们全家接连不断地带来了灾难。1897年间，他的母亲生下一个双胞胎。由于家中无粮，懂事的杜赞义，挎着篮子到处乞讨和求借。一次，到一家借粮，那家不但不借，反而奚落说：“人有脸，树有皮，王八还 有个硬盖子，也没有像你们那样今天借明天还 借……”赞义只有噙着眼泪，空手回到家中。刘氏见这情景，痛心疾首，百感一交一集，一气之下，得了重病。几天后，她和双胎儿女相继死去。
刘氏死后，丢下了三十五岁的丈夫马纯和十二岁的儿子占山，还 有七岁的女儿和十五岁的童养媳。为了谋生，马占山到蒙汉一交一界地方蒙族有钱人家放牧，换回几个铜钱，同时也使他得到了学一习一蒙族骑射技术的机会。几年功夫，不管什么样的烈马，他只要抓住马鬃翻身上去，都能降服。
马占山与原配夫人杜赞义育有一子一女，长子马奎、长女马玉文。
马奎曾任北京市政一协委员。
马占山之孙马志伟现任全国政一协常委、青海省政一协副主席。